2009年1月25日、ヴァージン・メガストア 水戸店（宮町1-2-4 丸井水戸店9階）閉店。 跡地には、2009年4月29日に文教堂書店 水戸店が出店（CDの取り扱いあり）。

2009年1月25日、ヴァージン・メガストア 静岡店（葵区御幸町6-10 丸井静岡店B館8階）閉店。 跡地には2009年2月11日、新星堂 丸井静岡店がオープン。

ヴァージン・メガストア 名古屋みなと店（港区品川町2-1-6 イオン名古屋みなとベイシティ3階）閉店。 跡地には、2009年2月7日に新星堂 名古屋みなと店がオープン。

2009年1月20日、ヴァージン・メガストア 新潟店（中央区万代1-5-1 万代シテイLoveLa万代4階）閉店。 TSUTAYAに転換して営業継続。

2009年1月18日、ヴァージン・メガストア 盛岡店（菜園1-10-1 パルクアベニュー・カワトク6階）閉店。 TSUTAYAに屋号変更して営業継続。

2008年11月16日、ヴァージン・メガストア 上野店（上野6-15-1 マルイシティ上野B1階）閉店。 TSUTAYAに転換して営業継続。

2008年6月30日、ヴァージン・メガストア 梅田店（北区角田町5-15 HEP FIVE 5階）閉店。

2008年4月16日、ヴァージン・メガストア グランデュオ蒲田店（西蒲田7-68-1 グランデュオ蒲田西館 M2階）開店。 2007年07月31日に閉店した蒲田店（蒲田駅ビル パリオ5階）からの移転の形。

2008年2月11日、ヴァージン・メガストア 川崎店（川崎区日進町1-11 丸井川崎店8階）閉店。

2007年7月31日、ヴァージン・メガストア 蒲田店（蒲田5-13-1 蒲田駅パリオ5階）閉店。 2008年4月16日、グランデュオ蒲田西館 M2階に移転オープン。

2007年3月2日、ヴァージン・メガストア 新潟店（中央区万代1-5-1 万代シテイLoveLa万代4階）開店。 2006年11月に閉店した旧新潟店（ビルボード・プレイス 1階）からの移転オープン。

2007年1月31日、ヴァージン・メガストア 所沢店（日吉町10-22 丸井所沢店B館 5階）閉店。

2006年8月13日、ヴァージン・メガストア 川越店（脇田町4-2 丸井川越店6階）閉店。

2006年3月23日、ヴァージン・メガストア 町田店（原町田6-2-6 マルイビィ町田8階）閉店。

2005年9月30日、ヴァージン・メガストア 仙台店（青葉区中央1-1-1 エスパル仙台1階）閉店。

2005年9月25日、ヴァージン・メガストア 心斎橋店（中央区心斎橋筋1-9-1 心斎橋パルコB1階）閉店。

2015年3月13日、ヴァージン・メガストア 札幌店（南1条西3丁目1 LA GALLERIA B1階）閉店。

2005年1月28日、ヴァージン・メガストア 岡山店（中山下1-8-45 クレド岡山4階）閉店。

1999.01.26 横浜店（丸井横浜店イセザキ館 2-3階） 2001.04.XX 新宿店＜移転＞（マルイシティ新宿 B1階） 2001.XX.XX 郡山店（丸井郡山店 8階） 2002.02.XX 池袋店＜移転＞（マルイシティ池袋 B1階） 2002.07.28 京都店（京都BAL B1-B2階） 2004.01.12 新宿…

2004年8月22日、ヴァージン・ディスクステーション 柏店（柏1-1-11 丸井柏VAT3階）閉店。

2004年6月27日、ヴァージン・メガストア 神戸店（中央区三宮町3-6-1 神戸BAL B1階）閉店。

2004年6月27日、ヴァージン・メガストア 広島店（中区基町6-78 クレド基町パセーラ6階）閉店。

2004年1月12日、ヴァージン・メガストア 新宿店（新宿3-1-13 京王新宿追分ビルB1-3階）閉店。

2004年1月12日、ヴァージン・ディスクステーション 八王子店（旭町2-5 丸井八王子店A館 B1階）閉店。

2004年1月12日、ヴァージン・メガストア 福岡店（中央区天神2-5-35 岩田屋Z-SIDE5階）閉店。

2002年7月28日、ヴァージン・メガストア 京都店（中京区河原町通三条下ル山崎町251 京都BAL B1-B2階）閉店。

2001年10月10日、ヴァージン・メガストア 松山店（湊町5-1-1 いよてつ高島屋7階）開店。

2001年4月21日、ヴァージン・メガストア 新宿店（新宿3-1-13 京王新宿追分ビルB1-3階）開店。 マルイシティ新宿B1階の店舗からの移転。

2001年2月23日、ヴァージン・メガストア 町田店（原町田6-2-6 マルイビィ町田8階）開店。